Por su posición estratégica impar, la ciudad de Bragança contribuyó de forma indeleble para la defensa de las fronteras de Portugal.
El Forte S. João de Deus fue construido para reforzar el sistema defensivo de la ciudad después de la Restauración de la Independencia en 1640.
Cuando D. João IV fue aclamado rey de Portugal, la cuestión militar se convirtió en una necesidad urgente para la defensa de las fronteras del país.
El museo ha sido inaugurado en 2013 con el objetivo de recalificar el local donde estuvo instalado el Forte S. João de Deus. Se encuentra localizado donde funcionó la Administración Militar y es un espacio expositivo con módulos interactivos que destacan la importancia de la presencia militar en Bragança. Este museo pretende reconocer «el local» – sitio do Sardoal – y la transformación de la ermita en el Forte que fue designado Forte S. João de Deus en honor a su patrono.