La construcción de este convento e iglesia fue concedida por D. João I en 1400, y resultó bastante laboriosa, prolongándose durante todo el siglo XV.

D. Constança de Noronha, segunda esposa de D. Afonso de Bragança y primera duquesa de Bragança, persona sumamente devota, se dedicó a varias obras de caridad tras la muerte de su marido, dedicando especial atención a este Convento y a su crecimiento, fue enterrada aquí frente al altar mayor. Las grandes reformas del siglo XVIII tuvieron lugar en el interior de la iglesia, transformando el sobrio templo franciscano en una iglesia de estilo barroco, con uno de los retablos dorados de talla joanina (época barroca) más notables de Guimarães, combinado con los admirables paneles de azulejos, que evocan la vida y los milagros de San Antonio.

También merece una mirada de cerca la Sacristía, con un techo formado por paneles pintados y que alberga una valiosa colección de arte sacro. Otro espacio a destacar es la Sala Capitular, un edificio gótico del siglo XIV, donde destaca la portada y las ventanas que dan al exterior. Claustro austero y armonioso, obra que data de 1591.
Con la extinción de las órdenes religiosas, en 1834, la iglesia pasó a manos de la Tercera Orden de San Francisco. Sin embargo, el convento sirvió como cuartel, tribunal y también hospital militar hasta que, en 1875, fue nuevamente entregado a la Tercera Orden de San Francisco, a la que aún pertenece, sirviendo parte del edificio como residencia para personas mayores. Frente a la iglesia, hay una cruz y dos esculturas, una de San Gualter, patrón de las fiestas gualterianas de la ciudad, y la otra de San Francisco, dos discípulos franciscanos que vivieron en Guimarães en el siglo XIII.