La historia de la parroquia de Matosinhos se cruza con la del desaparecido Monasterio de Bouças donde, durante siglos, se veneraba la imagen del Buen Jesús de Bouças. En el siglo. XVI, debido a la ruina del monasterio, la imagen fue trasladada a una nueva iglesia que se construyó en Matosinhos. Su construcción se inició en 1542 por iniciativa de la Universidad de Coimbra, a quien D. João III había concedido el patrocinio de Matosinhos. Inicialmente se contrató a João de Ruão para realizar esta obra, siendo posteriormente finalizada por Tomé Velho.
En el siglo. XVIII la creciente importancia de la devoción al Señor de Bouças, particularmente entre quienes reclamaban las tierras de Brasil, motivó la realización de importantes obras de ampliación de la primitiva iglesia, que fueron realizadas por el arquitecto italiano Nicolau Nasoni y que le dieron su configuración actual.
Destacan en el siglo XIX. XVIII, las intervenciones de Luís Pereira da Costa, famoso tallista del siglo XVIII, responsable de la remodelación y ampliación de la capilla mayor y las de Nicolau Nasoni de la restauración de la iglesia. La notable combinación de volúmenes, estructuras y detalles de la composición acentúan el aspecto escenográfico de la fachada principal, diseñada para acentuar la horizontalidad de la construcción y las características barrocas de estilo nasoniano. Son dignos de admirar los dos campanarios, el frontón roto, la puerta principal decorada con un medallón en el que se inserta una concha de vieira y las dos hornacinas laterales que contienen las estatuas de San Pedro y San Pablo.
En el espacio interior, dividido en tres naves, destaca el imponente altar mayor dorado, que incluye en la parte central una hornacina con una imagen de Cristo crucificado, atribuida al siglo XII. Se trata de una escultura hueca de madera, de aproximadamente dos metros de altura y sumamente curiosa, dada la asimetría simbólica de la mirada, ya que el ojo izquierdo mira hacia el Cielo y el derecho hacia la Tierra, en una clara simbiosis entre Dios y el hombre.