A historia da parroquia de Matosinhos crúzase coa do desaparecido Mosteiro de Bouças onde durante séculos se veneraba a imaxe do Bom Xesús de Bouças. No século. XVI, debido á ruína do mosteiro, a imaxe foi trasladada a unha nova igrexa que se construíu en Matosinhos. A súa construción comezou en 1542 por iniciativa da Universidade de Coimbra, a quen D. João III concedera o padroado de Matosinhos. João de Ruão foi contratado inicialmente para levar a cabo este traballo, e a obra foi rematada posteriormente por Tomé Velho.
No século. XVIII a crecente importancia da devoción ao Señor de Bouças, sobre todo entre os que demandaban as terras do Brasil, levou á realización de grandes obras de ampliación da primitiva igrexa, que foron realizadas polo arquitecto italiano Nicolau Nasoni e que lle cederon. a súa configuración actual.
Destacan no século XIX. XVIII, as intervencións de Luís Pereira da Costa, famoso tallista do século XVIII, que se encargou da remodelación e engadido da capela maior e as de Nicolau Nasoni da restauración da igrexa. A notable combinación de volumes, estruturas e detalles da composición acentúan o aspecto escenográfico da fachada principal, pensada para acentuar a horizontalidade da construción e as características barrocas de estilo nasoniano. Os dous campanarios, o frontón roto, a porta principal decorada cun medallón, na que se introduce unha vieira, e os dous nichos laterais que conteñen as estatuas de San Pedro e San Paulo, merecen a pena admirar.
No espazo interior, dividido en tres naves, destaca o impoñente altar maior dourado, que inclúe na parte central unha hornacina cunha imaxe de Cristo crucificado, atribuída ao século XII. Trátase dunha escultura de madeira oca, de aproximadamente dous metros de altura e sumamente curiosa, dada a simbólica asimetría da mirada, xa que o ollo esquerdo mira cara ao Ceo e o dereito cara á Terra, nunha clara simbiose entre Deus é o home.