A exposición permanente “Comercio e Navegación nos séculos XVI e XVII”, aberta ao público, ten tres vertentes, que reflicten a función do Museo: a Navegación Portuguesa, é dicir, a que se orixina e remata en Vila do Conde; a historia da Real Aduana e o seu funcionamento, funcionarios e produtos embarcados; a historia da Construción Naval, tipos de embarcacións construídas en Vila do Conde e os seus respectivos procesos construtivos.

Nas mesmas instalacións ten a súa sede o Centro de Documentación dos Portos Marítimos Quinhentistas CEDOPORMAR, unha ampliación especializada do Arquivo Municipal de Vila do Conde, na historia das vilas marítimas portuguesas, destacando como primeiro núcleo da “Vila do Conde Quinhentista”. A construción naval, a navegación e o comercio exterior no século XVI.