A construción deste convento e igrexa foi concedida por D. João I en 1400, e foi bastante laboriosa, prolongándose durante todo o século XV.

D. Constança de Noronha, segunda muller de D. Afonso de Bragança e primeira Duquesa de Bragança, persoa sumamente devota, dedicouse a diversas obras de caridade trala morte do seu marido, dedicando especial atención a este Convento e ao seu crecemento, foi enterrada aquí diante do altar maior. No interior da igrexa producíronse as grandes reformas do século XVIII, que transformaron o sobrio templo franciscano nunha igrexa de estilo barroco, cun dos retablos dourados de talla joanina (período barroco) máis destacados de Guimarães, combinado cos admirables paneis de azulexo, que evocan a vida e os milagres de San Antonio.

Tamén merece a atención a Sancristía, cun teito formado por paneis pintados e que alberga unha valiosa colección de arte sacra. Outro espazo que cabe destacar é a Sala Capitular, un edificio gótico do século XIV, onde destacan a portada e as fiestras que dan ao exterior. Claustro austero e harmónico, obra que data de 1591.
Coa extinción das ordes relixiosas, en 1834, a igrexa pasou a mans da Terceira Orde de San Francisco. Non obstante, o convento serviu de cuartel, xulgado e tamén de hospital militar ata que, en 1875, volveu ser entregado á Orde Terceira de San Francisco, á que aínda pertence, empregándose parte do edificio como residencia de maiores. Diante da igrexa, hai unha cruz e dúas esculturas, unha de San Gualter, patrón das festas gualterianas da cidade, e a outra de San Francisco, dous discípulos franciscanos que viviron en Guimarães no século XIII.