O simbolismo da Igrexa de São Miguel está ligado á fundación da nación e á tradición que di que alí foi bautizado o rei D. Afonso Henriques. No interior, xunto á pía bautismal, hai unha inscrición que tenta confirmar este feito.

O pavimento interior está ocupado por tumbas de nobres guerreiros, todos eles vinculados á fundación da nación. Co paso do tempo, a parte alta da vila, onde se sitúa a igrexa, foi progresivamente abandonada e con ela tamén a antiga igrexa de São Miguel.

No século XIX, Francisco Martins Sarmento, ilustre persoeiro de Guimarães, dirixiu a restauración da igrexa, procurando respectar o deseño orixinal.

A última intervención que sufriu data do século XX. A Igrexa de São Miguel está clasificada como Monumento Nacional.