Fundada no século XVII. XIII para establecer a orde mendicante de San Francisco (orde masculina), a lenda atribúe a súa fundación ao propio Santo.

En 1271, o testamento de D. Afonso III, primeiro documento que fai referencia a el, dotou ao Convento de 50 libras.

A raíña Isabel, muller de D. Dinis, que moi probablemente desembarcou aquí en 1282, favorecería o convento. Foi reconstruída na primeira metade do 1600, a partir dunha estrutura medieval da que aínda sobreviven elementos. A fachada manierista data de 1635.

Todo o convento sufriu novas intervencións ao longo do século XVII. No ano 1800 renovouse a fachada da igrexa. Na 2a metade do século. No século XIX, na zona conventual, despois de ser sometido a obras de readaptación, instalouse o Hospital Militar e, posteriormente, o Asilo Duque de Bragança.

O conxunto consta, así, dun núcleo de igrexa e convento, situado no lado esquerdo do mesmo. A igrexa de planta lonxitudinal, composta por unha nave precedida por unha galilea, con dúas capelas laterais saíntes e un coro máis estreito, presenta cubertas internas a dúas augas diferenciadas. As fachadas teñen esquinas apiladas, coas da fronte coroadas por pináculos. A fachada principal está rematada a dúas augas, datada no século XVII, dividida no centro por unha galilea en perfecto arco de medio punto (co portal axial no interior, de perfil contracurvado) e ventá rectilíneo. No lado esquerdo, hai un campanario, con dous rexistros, o superior cunha campá de arco de medio punto a cada lado.

Entre os distintos retablos do século XVIII destaca o da capela da Nosa Señora da Conceição, onde xa se ven algunhas aplicacións rococó. Nesta capela é evidente a pintura escenográfica do teito. O retablo do altar maior é neoclásico.

Dende o 26 de agosto de 1985 parte do convento está ocupada polo Arquivo Distrital de Bragança.