La exposición permanente «Comércio e Navegação nos séculos XVI e XVII», abierta al público, tiene tres vertientes, que reflejan la función del Museo: la Navegación portuguesa, es decir, la que tiene origen y destino en Vila do Conde; la historia de la Real Aduana y su funcionamiento, funcionarios y productos despachados; la historia de la Construcción Naval, tipos de embarcaciones construidas en Vila do Conde y sus respectivos procesos constructivos.

En las mismas instalaciones tiene su sede el Centro de Documentação dos Portos Marítimos Quinhentistas CEDOPORMAR, una ampliación especializada del Archivo Municipal de Vila do Conde, en la historia de las villas marítimas portuguesas, destacándose como el primer núcleo de “Vila do Conde Quinhentista”. construcción naval, navegación y comercio exterior en el siglo XVI.