A exposição permanente “Comércio e Navegação nos séculos XVI e XVII” patente ao público, assume três vertentes, as quais traduzem a função do Museu: a Navegação Portuguesa, nomeadamente aquela que tem origem e destino em Vila do Conde; a história da Alfândega Régia e seu funcionamento, oficiais e produtos desalfandegados; a história da Construção Naval, tipos de barcos construídos em Vila do Conde e respetivos processos construtivos.

Nas mesmas instalações, está sedeado o Centro de Documentação dos Portos Marítimos Quinhentistas CEDOPORMAR, extensão especializada do Arquivo Municipal de Vila do Conde, sobre a história dos burgos marítimos portugueses, destacando-se como primeiro núcleo “Vila do Conde Quinhentista”, da construção naval, navegações e do comércio ultramarino no período quinhentista.