Fundado no séc. XIII para se estabelecer a ordem mendicante de São Francisco (ordem masculina), a lenda atribui a sua fundação ao próprio Santo.

Em 1271, o testamento de D. Afonso III, primeiro documento que lhe faz referência, dotava o Convento com 50 libras.

A Rainha Isabel, mulher de D. Dinis, que muito provavelmente aqui pousou em 1282, teria favorecido o convento. Foi reedificado na primeira metade de seiscentos, a partir de uma estrutura medieval de que subsistem elementos. A fachada maneirista data de 1635.

Todo o convento sofreu novas intervenções ao longo de setecentos. Em 1800 a fachada da igreja foi renovada. Na 2.ª metade do séc. XIX, na zona conventual, depois de sujeita a obras de readaptação, instalou-se o Hospital Militar e, posteriormente, o Asilo Duque de Bragança.

O conjunto é assim composto por igreja e núcleo conventual, implantado no lado esquerdo da mesma. A igreja de planta longitudinal, composta por nave antecedida por galilé, com duas capelas laterais salientes e capela-mor mais estreita, possui coberturas internas diferenciadas de duas águas. As fachadas dispõem de cunhais apilastrados, sendo os da frontaria coroados por pináculos. A fachada principal é terminada em empena, datável do século XVII, rasgado ao centro por galilé em arco de volta perfeita (tendo no interior o portal axial, de perfil contra curvo) e por janelão retilíneo. No lado esquerdo, integra a torre sineira, de dois registos, o superior com sineira em arco de volta perfeita em cada uma das faces.

De entre os vários retábulos setecentistas, destaca-se o da capela de Nossa Senhora da Conceição em que são já visíveis algumas aplicações rococó. Nesta capela evidencia-se a pintura cenográfica do teto. O retábulo do altar-mor é neoclássico.

Desde 26 de agosto de 1985 que parte do convento está ocupado pelo Arquivo Distrital de Bragança.