A construção deste convento e igreja foi concedida por D. João I em 1400, e revelou-se bastante demorada, prolongando-se por todo o século XV. D. Constança de Noronha, segunda mulher de D. Afonso de Bragança e primeira Duquesa de Bragança, pessoa extremamente devota, dedicou-se a várias obras caritativas após a morte do seu marido, dedicando especial atenção a este Convento e ao seu engrandecimento, tendo sido aqui sepultada em frente ao altar-mor.

As grandes reformas setecentistas manifestaram-se no interior da igreja, transformando o sóbrio templo franciscano numa igreja ao gosto barroco, com um dos mais notáveis retábulos de talha dourada joanina (época barroca) de Guimarães, conjugado com os admiráveis painéis de azulejos, evocando a vida e os milagres de Santo António. A Sacristia merece, igualmente, um olhar atento, com um teto formado por painéis pintados e guardando um valioso espólio de arte sacra. Outra área a destacar é a Sala do Capítulo, edificação do gótico quatrocentista, onde se salienta o portal e as janelas que abrem para o austero e harmonioso claustro, obra datada de 1591.

Com a extinção das ordens religiosas, em 1834, a igreja foi cedida à Ordem Terceira de S. Francisco. Entretanto, o convento serviu de quartel, tribunal e também hospital militar até que, em 1875, foi novamente entregue à Ordem Terceira de S. Francisco, à qual pertence até à atualidade, funcionando parte do edifício como residência para seniores. Em frente à igreja, está implantado um cruzeiro e duas esculturas, uma de S. Gualter, padroeiro das Festas da cidade “Gualterianas”, e outra de São Francisco, dois discípulos franciscanos que viveram em Guimarães no século XIII.