O Museu tem como base a Central Hidroelétrica de Santa Rita, inaugurada em 5 de outubro de 1914. Esta obra de largo alcance social para a época, permitiu, à então Vila de Fafe, o fornecimento de uma rede elétrica de serviço público. Em virtude do seu interesse histórico e cultural, como marco importante do processo de eletrificação no noroeste de Portugal, e dado o bom estado do equipamento, a Câmara Municipal da Fafe, entidade proprietária, decidiu musealizar as instalações e os equipamentos, constituindo um museu regional de eletricidade, o primeiro do seu género no país.

O Museu da Central Hidroelétrico de Santa Rita integra a rede nacional de museus da energia.