Abierto al público en 1994, el Museo de la Santa Casa de la Misericordia de Matosinhos posee un riquísimo acervo, formado por legados de benefactores y por adquisiciones propias de la institución. Es digna de mencionar la valiosa colección de cuadros y la sección de Arte Sacra que es una importante colección con los fastuosos ornamentos y vestiduras litúrgicas, algunas pinturas al óleo con escenas de la Pasión de Cristo, distintos objetos en talla dorada y la interesante colección de exvotos, ofrecidos por devotos del Señor de Matosinhos, principalmente del siglo XIX. Es posible visitar el espacio mediante cita previa, con entrada gratuita.