A basílica foi deseñada polo arquitecto André Soares e construída no século XVI, aínda que non se rematou ata o século XX.

A construción comezou en 1703 e foi bendicida o 27 de outubro de 1717, aínda que faltaban construír as torres e colocar as estatuas nos respectivos nichos da fachada.

Estas obras realizáronse no século XX, e a torre oeste foi rematada en 1964 polo benefactor António Augusto Nogueira da Silva, cun proxecto do arquitecto Alberto da Silva Bessa (Vila Nova de Gaia, 16 de outubro de 1911 – Vila Nova). de Gaia, 1984), que se inspirou nas torres do Mosteiro de São Miguel de Refojos de Basto.

As estatuas da fachada -São Filipe Néri e São Martinho de Dume- foron levantadas o 16 de febreiro de 1964 e son obra do escultor Manuel da Silva Nogueira (nacido en Santa Cruz do Bispo o 10 de outubro de 1926).

O 15 de marzo de 1975, a Santa Sé concedeu á Igrexa dos Congregados o título de Basílica Menor.