La Basílica fue diseñada por el arquitecto André Soares y construida en el siglo XVI, aunque no se terminó hasta el siglo XX.

Comenzó a construirse en 1703 y fue bendecida el 27 de octubre de 1717, aunque aún faltaba construir las torres y colocar las estatuas en los respectivos nichos de la fachada.

Estas obras se llevaron a cabo en el siglo XX, y la torre oeste fue terminada en 1964 por el benefactor António Augusto Nogueira da Silva, con proyecto del arquitecto Alberto da Silva Bessa (Vila Nova de Gaia, 16 de octubre de 1911 – Vila Nova de Gaia, 1984), que se inspiró en las torres del Monasterio de São Miguel de Refojos de Basto.

Las estatuas de la fachada – São Filipe Néri y São Martinho de Dume – fueron izadas el 16 de febrero de 1964 y son obra del escultor Manuel da Silva Nogueira (nacido en Santa Cruz do Bispo el 10 de octubre de 1926).

El 15 de marzo de 1975, la Santa Sede concedió a la Iglesia de los Congregados el título de Basílica Menor.