É un dos legados máis significativos do Renacemento na cidade. Comezou a construírse en 1560. O portal principal leva a data de 1562, probablemente a data en que se terminou a fachada. O altar dourado é un dos principais atractivos do edificio.

A igrexa da Misericordia aparece nalgúns planos da Catedral como un anexo, pero en realidade é un monumento independente. Construíuse en 1562, pero foi moi modificada no século XVIII.

Coa súa sobria ornamentación, conserva bos exemplos da arquitectura renacentista, en particular a fachada e o portal lateral que presenta na parte superior unha escena da «Visitación», obra mestra da escola de escultura de Coimbra do século XVI.

No interior, destacan o retablo barroco tallado e o teito de madeira pintada. O retablo foi realizado por Marcelino de Araújo entre 1734 e 1739 e inclúe unha táboa pintada por José Lopes en 1735. Aínda que de tema relixioso, ten características cortesás, representando a varios membros da familia do rei João V, á raíña e aos seus fillos.

No altar maior, tamén podemos ver unha imaxe da nosa Señora da Misericordia, obra do escultor José António Gonçalves que data de 1774.