Es uno de los legados más significativos del Renacimiento en la ciudad. Comenzó a construirse en 1560. El portal principal lleva la fecha de 1562, probablemente la fecha en que se terminó la fachada. El altar dorado es uno de los principales atractivos del edificio.

La iglesia de la Misericordia aparece en algunos planos de la Catedral como un anexo, pero en realidad es un monumento independiente. Se construyó en 1562, pero fue muy modificada en el siglo XVIII.

Con su sobria ornamentación, conserva buenos ejemplos de la arquitectura renacentista, en particular la fachada y el portal lateral que presenta en la parte superior una escena de la «Visitación», obra maestra de la escuela de escultura de Coimbra del siglo XVI.

En el interior, destacan el retablo barroco tallado y el techo de madera pintada. El retablo fue realizado por Marcelino de Araújo entre 1734 y 1739 e incluye una tabla pintada por José Lopes en 1735. Aunque de tema religioso, tiene características cortesanas, representando a varios miembros de la familia del rey João V, a la reina y a sus hijos.

En el altar mayor, también podemos ver una imagen de Nuestra Señora de la Misericordia, obra del escultor José António Gonçalves que data de 1774.