Integra um dos mais consideráveis legados do período renascentista na cidade. A sua edificação terá sido iniciada em 1560. No portal principal foi gravada a data de1562, provavelmente a data de conclusão da fachada. O altar em talha dourada é um dos principais atrativos do edificado.

A Igreja da Misericórdia aparece nalgumas plantas da Catedral como anexo, mas na verdade constitui um monumento distinto. É um templo construído em 1562, mas muito modificado no séc. XVIII.

De ornamentação sóbria, conserva ainda bons exemplos de arquitectura renascentista, nomeadamente a fachada e o portal lateral que apresenta, na parte superior, uma cena da “Visitação”, obra de qualidade da escola de escultura quinhentista de Coimbra.

No interior, de notar o conjunto retabular de talha barroca e a cobertura do tecto em madeira pintada. O retábulo foi executado por Marcelino de Araújo, entre 1734 e 1739, e inclui um painel pintado por José Lopes, em 1735. Embora de tema religioso, este apresenta características cortesãs, representando vários familiares de D. João V, a Rainha e os filhos.

No altar-mor, podemos ainda ver uma imagem de Nossa Senhora da Misericórdia, obra do escultor José António Gonçalves datada de 1774.