A Basílica é da autoria do arquitecto André Soares, construída no século XVI, embora só terminada no século XX.

O inicio da construção foi em 1703, sendo benzida em 27 de Outubro de 1717, embora faltando construir as torres e colocar estátuas nos nichos respectivos da fachada.

Estes trabalhos seriam levados a cabo já no século XX, tendo a torre poente sido concluída em 1964, por acção do benemérito António Augusto Nogueira da Silva, com projecto do arquitecto Alberto da Silva Bessa (Vila Nova de Gaia, 16 de Outubro de 1911 – Vila Nova de Gaia, 1984), que se inspirou nas torres do Mosteiro de São Miguel de Refojos de Basto.

As estátuas da fachada – São Filipe Néri e São Martinho de Dume – foram içadas para os seus locais em 16 de Fevereiro de 1964, e são devidas ao escultor Manuel da Silva Nogueira (nascido em Santa Cruz do Bispo a 10 de Outubro de 1926).

Em 15 de março de 1975 a Santa Sé concedeu à Igreja dos Congregados o título de Basílica Menor.