La colección del Museo Pío XII se centra principalmente en la arqueología y el arte sacro. Se compone de colecciones heterogéneas que incluyen cerámica, textiles, escultura, joyería, implementos litúrgicos, numismática, medallas y pinturas. Junto con el Museo de Medina, está ubicado en el edificio del Seminario Conciliar de Santiago, en Braga.

Posee una vasta colección de lítica, numismática, cerámica, textiles, escultura, pintura y joyería. Algunos ejemplares de cada una de estas colecciones pueden verse en la actual exposición «Un Museo a Historia». Los visitantes podrán contemplar una parte significativa de la obra de Henrique Medina, uno de los grandes retratistas del siglo XX. El Museo Pío XII alberga 50 pinturas y 20 dibujos. El museo ofrece una visita a la Torre Medieval conocida como «Nossa Senhora da Torre», donde se narra y documenta la historia de la ciudad de Braga a lo largo de los cinco pisos a los que se asciende. En lo alto de la Torre hay un magnífico panorama. La primera planta ilustra el período que va desde los bracarios hasta la reconquista; la segunda planta muestra la Braga medieval; la tercera planta nos lleva al Renacimiento – Braga se extiende en hermosas plazas; el embellecimiento de estos nuevos espacios (obra de los arquitectos André Soares y Carlos Amarante) se narra en la cuarta planta; la última planta nos pone en contacto con la Braga actual.